Corría el año 875 cuando el rondeño Abbas Ben Firnas, provisto de unas alas articuladas, se arrojó desde las alturas del valle cordobés de la Ruzafa y descendió planeando una buena distancia. Sufrió un pequeño percance en el aterrizaje, pero salió ileso de la experiencia. Éste es el primer vuelo planeado de la humanidad del que existe constancia histórica.
Habrían de pasar más de mil años hasta que otro ser humano volviese a volar de nuevo sobre Córdoba. El vuelo siguiente tuvo lugar durante las fiestas de aviación que se celebraron en mayo de 1910. El día 19 de ese mes, un aviador llamado Barrier se elevó sobre un campo improvisado junto a la fábrica de La Electro-Mecánica. Durante los años treinta se instaló en este lugar un aeródromo desde el que operaron durante la guerra aviones Breguet XiX, Nieuport-52 y Aero-101 en misiones de apoyo.
A finales de los años cincuenta, diferentes entidades y particulares de la ciudad promovieron una campaña pública para pedir la construcción de un aeropuerto comercial. La poca acogida que la iniciativa tuvo en el Ministerio de Aire obligó al Ayuntamiento a llevar a cabo la construcción del aeropuerto a sus expensas. El Consistorio consiguió la autorización del Consejo de Ministros para su proyecto el 14 de septiembre de 1956, a condición de que tanto las construcciones e instalaciones como los terrenos del mismo fueran cedidos al Estado una vez terminadas las obras.
El Aeropuerto de Córdoba se inauguró el 25 de mayo de 1958. Sin embargo, la autorización oficial de apertura al tráfico aéreo civil, nacional completo, internacional de turismo y escalas técnicas de tráfico internacional no se produjo hasta el mes de octubre.
El 5 de noviembre, la compañía Aviaco inició la primera línea aérea con el servicio Madrid-Córdoba, utilizando un cuatrimotor Heron de 12 plazas. Este avión fue sustituido posteriormente por un DC-3. La línea se unió con la de Córdoba-Jerez en 1960, pero su poca rentabilidad obligó a la Diputación Provincial y al Ayuntamiento a subvencionar a la compañía Aviaco con el coste de la cobertura de plazas en un 50 por ciento para mantenerla en funcionamiento.
El 5 de marzo de 1965, en virtud del acuerdo que autorizaba su construcción, el aeropuerto se incorporó al Patrimonio de Estado, quedando adscrito al Ministerio del Aire. Un año después, y pese al apoyo financiero de las instituciones públicas cordobesas, la explotación de la línea con Madrid empezó a tener serias dificultades económicas, que desembocaron en 1967 en la suspensión de todos los vuelos a Córdoba por parte de Aviaco.
Pero la Diputación Provincial, que consideraba de gran interés para la provincia mantener estos vuelos, negoció con Aviaco su reposición con el acuerdo de sufragar el 60 por ciento de la ocupación de plazas de los aviones. Se estableció así la línea Málaga-Córdoba-Madrid, que se inauguró en 1969 con aviones Twin Otter de 19 plazas que pronto fueron sustituidos por Fokker F-27.
En 1980, Aviaco suspendió definitivamente su línea con Córdoba, que desde hacía algunos años tenían una frecuencia de dos vuelos diarios a Madrid. Ese mismo año se llevó a cabo la remodelación y ampliación del edificio terminal.
Nuevas gestiones de la Diputación Provincial, en este caso con la compañía mallorquina Air Condal, consiguieron un acuerdo que permitió no sólo reanudar los vuelos con Madrid, sino también establecer un vuelo semanal con Palma de Mallorca, con salida los viernes y regreso los lunes. Estos servicios, ambos atendidos con sendos aviones Hawker Siddeley, comenzaron en 1983 y se suspendieron dos años después.
En 1995 se llevó a cabo una nueva ampliación de la pista y de la plataforma de estacionamiento de aeronaves.